
Carlos IV era el segundo de los trece hijos del matrimonio de Carlos III con María Amalia de Sajonia. Comenzaba así un nuevo período de turbulencias, iniciado con terribles noticias llegadas de Francia: en 1789 estallaba en París la Revolución Francesa, cuya fogata se extendería como un reguero de pólvora hacia Madrid. Marcando el camino de la Revolución en 1790 un terrible incendio devoraba parte de la Plaza Mayor de la villa y más de cincuenta casas, aunque inmediatamente se iniciaba su reconstrucción.
Comenzó Carlos IV su reinado con actos generosos como el descenso de los precios del pan y el perdón de atrasos a los contribuyentes, pero ante los sucesos revolucionarios de Francia se fortalecían las facciones más tradicionalistas y conservadoras. Graves contratiempos internacionales, como la derrota de los ejércitos españoles ante las tropas revolucionarias, provocaron la caída de ministros afrancesados como Floridablanca o Aranda, y el ascenso del ambicioso valido Manuel Godoy, que se ganó la confianza de la reina María Luisa y posteriormente del propio rey.
Godoy decidió seguir una política profrancesa, acercándose al gobierno francés de Napoleón Bonaparte, lo que llevó al enfrentamiento con Inglaterra y a la derrota marítima de Trafalgar en 1805, donde fueron destruidas las flotas francesas y españolas. Apoyándose en el descontento hacia Godoy, el Príncipe Fernando se rebeló contra su padre, al que obligó a abdicar en 1808. Carlos IV se refugió en la ciudad francesa de Bayona, donde Napoleón atrajo al Príncipe Fernando y le obligaba a renunciar a la Corona, que rocambolescamente, fue a parar a manos del emperador francés, quien la cedió a su hermano José Bonaparte.
La entrada de los ejércitos franceses en España fue sonoramente contestada, y el 2 de Mayo de 1808 el pueblo se levantó en armas en una jornada heroica, aunque en última instancia, inútil, que dejó miles de muertos en los disturbios y fusilamientos posteriores. Estos sucesos, que se repetirían en otras ciudades españolas, prendieron la llama de la Guerra de la Independencia Española. Las Juntas españolas, reunidas en la ciudad de Cádiz, se declararon en oposición a los franceses y aprobaron la primera Constitución en 1812.
José I Bonaparte comenzó un inquieto y errático reinado, marcado por frecuentes huidas y regresos, odiado por un pueblo que no comprendía sus medidas modernizadoras, como la interdicción religiosa, que pusieron en pie de guerra a miles de frailes y monjas. “Contemplo pasivamente la devastación de un país que yo podía haber esperado hacer dichoso” decía a su hermano Napoleón, que se veía obligado a retirar tropas de otros frentes para mantener a raya a los guerrilleros españoles, pero todos los esfuerzos militares fueron vanos. El 28 de mayo de 1813 entraban en Madrid las tropas españolas mandadas por el guerrillero Juan Martín Díaz el Empecinado. Un año después el Príncipe Fernando recibía de nuevo la Corona y entraba en Madrid como Fernando VII.
La Catedral de las Tinieblas resistió bien los embates de los Topos del Carbón, sobre todo cuando otras Diócesis españolas enviaron Cofradías en apoyo del Arzobispo Moncada. Sin embargo, el incendio de 1790 se cebó especialmente entre los partidarios de los Lasombra. La Cofradía de los Jinetes de la Noche, una Cofradía nómada de León, fue completamente destruida, junto con varios miembros de la Lanza Sagrada. Aunque en aquellos momentos se creyó que se trataba de un nuevo episodio de la guerra entre las Cofradías, el incendio fue provocado por agentes del Príncipe Anastasio de Castilla, que azuzó las rencillas de la Guerra Civil del Sabbat.
Aunque con numerosas pérdidas, Patrick Roach y sus partidarios no cedían terreno, instalándose en las ciudades próximas a Madrid, realizando incursiones contra las Cofradías de la Catedral de las Tinieblas, y retirándose de nuevo a sus refugios como un enjambre de tábanos cebándose en un animal herido. Durante este período, Moncada se desentendió de la Corte Real, desestabilizada por el conflicto entre las facciones de conservadores y afrancesados. El gobierno del valido Godoy arrojó poco a poco el país en los brazos de Napoleón.
En 1803 el Regente Gorchist, del clan Tzimisce, viajó a la ciudad de México, donde se habían reunido notables personajes del Sabbat, que firmaron el Pacto de la Compra, que puso fin a la Primera Guerra Civil del Sabbat. El Regente convirtió México en su refugio, capital y corazón del Sabbat, incluyendo a la Arzobispo Melinda Galbraith en su consistorio. La intranquilidad y las inquietudes revolucionarias hervían en las colonias, aguardando su momento.
Pero en España la guerra continuó durante unos meses, antes de que el Arzobispo de Madrid decidiera aceptar los términos del acuerdo que ponía fin a las hostilidades entre las facciones del Sabbat. Poco después le seguirían el resto de los obispos españoles. En principio, Moncada no estaba muy conforme con las condiciones, y de hecho, envió mensajeros a México para que el Pacto de la Compra fuera renegociado, pero cuando España fue invadida por las tropas napoleónicas en 1808, acompañadas de numerosos vampiros de la Camarilla, invitó a Patrick Roach a unirse a la Catedral de las Tinieblas. La invasión supuso de facto el fin de la guerra civil.
En esta ocasión, los ejércitos de la Camarilla estaban dirigidos por Honoré de Montcalm, Justicar Brujah y numerosos arcontes Brujah y Toreador. El Príncipe Anastasio de Castilla fue reticente a unirse a la alianza, aunque varios de sus chiquillos participaron en la misma. La lucha fue sangrienta, pero los Cainitas de la Espada de Caín demostraron su astucia desvaneciéndose en las sombras y azuzando a los guerrilleros españoles contra los vampiros franceses y sus peones. La Camarilla y el Sabbat jugaron al ratón y al gato, y sufrieron numerosas pérdidas, pero finalmente se impuso la Espada de Caín. En 1813 Patrick Roach, el líder de los Topos del Carbón, y su Cofradía cayeron sobre el Justicar Brujah y su guardia personal y se destrozaron mutuamente, pero la caída del líder de la Camarilla supuso la derrota de su ejército, que desordenadamente se batió en retirada. La Torre de Marfil se dio cuenta de que la Catedral de las Tinieblas era demasiado poderosa para ser desalojada.
Tras la expulsión de los enemigos del Sabbat, el Arzobispo Moncada reunió a las Cofradías supervivientes y celebró una Asamblea conocida el Concilio de las Lágrimas Amargas. Por primera vez fueron nombrados tres obispos para Madrid, que conformarían la Trinidad de la Villa: Fray Martín de Silos, del clan Lasombra, Doña Teresa Valdés, antitribu Ventrue y Don Serafín Gutiérrez, antitribu Brujah y chiquillo de Patrick Roach, al que le fue rendido homenaje póstumo por su sacrificio.
También se produjo una reorganización de las Cofradías. Los Reyes de la Sombra habían sido completamente destruidos. La Lanza Sagrada había quedado reducida a dos Cainitas, y el Arzobispo decidió comenzar la creación de una nueva Cofradía compuesta íntegramente por Paladines: serían la base de los Doce Apóstoles. Los Códices Ocultos habían sido destruidos durante la guerra y era necesaria una nueva Cofradía que se encargara de la custodia de los documentos y escritos que el Sabbat ocultaba en El Escorial, pero mientras Moncada atendía otros asuntos dejó la Biblioteca en manos de los Duendes de Palacio.
Además de las anteriores, dos nuevas Cofradías se instalaron en Madrid: la Cofradía de San José, dirigidos por el nuevo obispo Don Serafín Gutiérrez, y El Cáliz Amargo, formada por supervivientes madrileños de la Guerra de la Independencia.