La obra más célebre de Antonio de Torquemada es "Jardín de flores curiosas", que es citada por Miguel de Cervantes en el sexto capítulo de la primera parte del Quijote censurando su excesiva credulidad en disparates y fantasías, en que se tratan algunas materias de humanidad, philosophia, theologia y geographia, con otras curiosas y apacibles (Salamanca, en casa de Iuan Baptista de Terranova, 1570), editada de forma póstuma, un año después de su muerte, por sus hijos Luis de Torquemada y Jerónimo de los Ríos, que se divide en seis tratados en forma de diálogo pertenecientes al género de la miscelánea donde se comentan fenómenos sobrenaturales y monstruosos: seres prodigiosos, como pigmeos, amazonas, sátiros, cinocéfalos, ...; propiedades de ríos, fuentes, lagos, el Paraíso terrenal, y sus cuatro ríos; fantasmas, visiones, trasgos, encantadores, hechiceros, brujas, saludadores; astrología. Los dos últimos, las tierras septentrionales: geografía, prodigios y animales. Cita autores clásicos, como Aristóteles, Plinio el Viejo, Boecio, Aulo Gelio, Solino, Plutarco, Claudio Eliano o Apolonio de Tiana, Padres de la Iglesia, como San Agustín o San Jerónimo, y modernos, como Pero Mexía y, especialmente, Saxo Gramático y Olaus Magnus, autor de la Historia de gentibus septentrionalibus (Roma, 1555).
La obra gozó de gran difusión, pero fue incluida en el Índice de los libros prohibidos por la Inquisición, primero en Portugal (1581), y después en España (1632).
Fue traducida al francés (1579), por Gabriel Chappuys, al italiano (1590) por Celio Malespini, al inglés por Ferdinando Valker [publicada bajo el título The Spanish Mandeville of Miracles or the Garden of Curious Flowers (London, by James Roberts for Edmund Mates, 1600) [STC 2nd. edition, 24135], y al alemán (1626), por G. F. Messerschmiden, sobre la traducción italiana de Malespina.
De esta obra, existe edición moderna: "Jardín de flores curiosas", edición de Giovanni Allegra, Madrid: Castalia, 1983. ISBN 978-84-703-9405-3.
En estas obras aparece por primera vez en la literatura simios que interactúan con féminas al estilo de King Kong. Tema que después fue retomado por el jesuita Martín del Río.